La storia è ambientata a Luminopoli, dove è in corso un piano di sviluppo urbano volto a trasformare la città in un luogo accogliente per persone e Pokémon. A differenza della Luminopoli che conosciamo, comparsa per la prima volta nel 2013 in Pokémon X e Pokémon Y, questa nuova versione della città si distingue per il verde che la costella e gli edifici dal fascino contemporaneo. Nel cuore di Luminopoli, i luoghi più frequentati come i passage, i caffè e i ristoranti coesistono armoniosamente con aree più naturali, come le sponde dei canali e i parchi lussureggianti. Al centro di Luminopoli svetta la Torre Prisma, emblema della città.
Tutto ha inizio con un tour di Luminopoli: Nel corso dei tuoi viaggi hai deciso di fare tappa a Luminopoli e di pernottare in un vecchio hotel, l’hotel Z. Questo ti farà da base mentre vivrai mille peripezie tra le strade della città insieme ai tuoi nuovi amici.
Le zone selvagge, casa dei Pokémon selvatici: in linea con il piano di sviluppo urbano, affidato a una grande azienda chiamata Q-asar Inc., alcune aree sono state convertite nelle cosiddette "zone selvagge" nel tentativo di trasformare la città in un luogo accogliente sia per le persone che per i Pokémon. Queste zone sono state realizzate grazie all’utilizzo di tecnologie all’avanguardia, allo scopo di creare degli spazi in cui i Pokémon possano vivere. Al loro interno potrai divertirti a lottare con i Pokémon e a catturarli lanciando le tue Poké Ball.
Trasforma i Pokémon in preziosi alleati: per catturare i Pokémon selvatici che vivono nelle zone selvagge o in giro per Luminopoli ti basta prendere bene la mira e lanciare una Poké Ball. Se il Pokémon non esce dalla Poké Ball, il gioco è fatto! Alcuni Pokémon fileranno via non appena si accorgeranno di te, quindi cerca di nasconderti bene o di avvicinarti di soppiatto da dietro. Puoi anche lottare contro i Pokémon per ridurre i loro PS e rendere così più facile la loro cattura.
Novità mai viste prima: i Pokémon e gli Allenatori decidono cosa fare in tempo reale durante le lotte. Nei capitoli precedenti della serie di videogiochi le lotte Pokémon si svolgevano a turni. Nelle lotte di Leggende Pokémon: Z A, per la prima volta, gli Allenatori e i loro Pokémon potranno muoversi liberamente in tempo reale e saranno gli Allenatori a dire ai Pokémon in quale momento utilizzare una mossa. Oltre ai consueti rapporti tra tipi dovrai tenere in considerazione nuove dinamiche di gioco, come le tempistiche precise per sostituire Pokémon o sferrare mosse, la rapidità con cui diverse mosse vengono sferrate e la grandezza dell'area su cui hanno effetto. Le nuovissime meccaniche di queste lotte Pokémon sono una delle novità più avvincenti di questo capitolo.