Oltre ai token hardware, FortiToken- Mobile consente di utilizzare i dispositivi iOS e Android come token. Questa soluzione compatibile con OATH offre una procedura di password unica basata sul tempo e solleva l'utente dalla necessità di utilizzare un dispositivo aggiuntivo (token hardware). Grazie alla generazione dinamica dei semi dei token e alla loro trasmissione e archiviazione crittografata, questa procedura è significativamente più sicura rispetto a metodi analoghi. Il FortiToken-Mobile può essere utilizzato sia con le appliance FortiGate che con la soluzione di autenticazione FortiAuthenticator e può quindi essere utilizzato universalmente. Si basa su una licenza unica, che elimina la necessità di ripetere le licenze e consente di risparmiare sui costi. Ogni dispositivo FortiGate a partire da FOS5 offre l'uso gratuito di due FortiToken-Mobile, ad esempio per gli account di amministrazione.